人文医学学院前身是公共课程部，成立于2000年6月，时为适应学校快速发展需要，满足医学院校大学生外语、计算机和体育教学“两翼一体”的教学要求，通过整合校内资源而成立。

经过近十年的建设和发展，经历了从无到有、从弱到强的壮大过程，学院的师资队伍、教学设施、管理水平、教学科研等方面都得到了长足发展，2010 年 12 月 23 日公共课程部正式更名为公共基础学院。下设外语系、计算机系、体育教学部以及大学语文教学部共四个系部，2016年3月成立美育教学部，承担全校各专业、各层次学生公共基础课程的教学，并承担全校教职医护员工和学生各类竞技及群体性体育活动、比赛的任务。

2017年3月1日，为适应专业和学科建设与发展的需要，在学校党委、行政的高度重视下，学院再度更名为人文医学学院，除原有的五个系部外，又新成立人文医学系；2018 年8月，学校将创新创业教育课程教研室划转至人文医学学院；2022年3月将劳动教育教研室挂靠至人文医学学院；2023年6月，在学校党委领导下，学院积极响应“健康中国”战略，聚焦大健康产业需求，充分运用体育教学部、第一附属医院康复科、第二附属医院康复科等优势资源，开设运动康复专业，致力于培养能够服务国家大健康发展战略需求，立足安徽省、面向“长三角”、辐射全国的高层次、复合型、应用型的运动康复专业人才。

近年来，人文医学学院以培养“德智体美劳全面发展，能熟练应用语言+技能实现跨文化交流，能熟练应用计算思维，拥有健康体魄、创新创业能力和社会责任感的医学专业人才”为目标；紧紧围绕学校发展目标，服务学校中心任务，努力培养医学生健康体魄、过硬技术、创新能力和跨文化交际能力以及良好的人文情怀和高尚的审美情趣，为医学生学习专业知识和培育专业技能打下良好基础，为高水平医科大学建设添砖加瓦。

目前，人文医学学院拥有一支理论水平高、实践教学经验丰富，年龄、职称和学历（学位）结构基本合理的师资队伍。现有教职员工119人，其中，专职教师103人，教授4人，副教授27人。博士学位17人，硕士学位87人。现有党员78人。学院拥有教学、科研实验室用房面积3800平方米，拥有计算机教学机房10个、教学语音室9个、自主学习中心2个，实验设备总数1500余台套，设备总值一千多万元。历经二十余年的发展，学院在人才培养、学科建设、师资队伍、科学研究、对外交流、社会服务等方面都有了质的飞跃。